Для преобразования аудио-файлов из одного формата в другой существует отличная и простая утилита - soundconverter.
Программа работает с файлами Ogg Vorbis (*.ogg, *.oga), mp3, FLAC Lossless (*.flac), iTunes AAC (*.m4a), Windows WAV (*.wav). Помимо этих, программа также может преобразовывать в любой из перечисленных форматов файлы форматов *.acc и *.ac3. То есть на входе могут быть любой из перечисленных раннее форматов, а на выходе - те, что перечислены первыми.
Управление предельно простое. Думаю, из скриншота и так всё ясно. Можно добавить отдельные файлы или целую папку и одним нажатием кнопки перевести всё в другой формат.